Фонтанка заснована в 1856 році бельгійським консулом у Одесі Виктором Карловичем Енно (Victor Napoleon Laurent Hennau), більш відомого як “Доктор Енно”.
Під час організованого радянською владою Голодомору 1932—1933 років померло щонайменше 11 жителів села.
У 1941 і в 1944 роках на території села відбувалися запеклі бої Другої світової війни. Сільська рада створена в 1944 році. Населений пункт отримав статус села в 1949 році.
У селі споруджено пам’ятники загиблим односельцям та воїнам 249-го полку НКВС, які захищали Фонтанку в період оборони Одеси в 1941 році.
9 травня 2022 року російська армія нанесла ракетний удар по торговельному центру Riviera у Фонтанці, вбивши одну людину.
